SaaS uygulamalarında müşteriler, hassas ticari verilerini, müşteri kayıtlarını ve bazen finansal bilgilerini tamamen üçüncü parti bir bulut platformuna emanet ederler. Bu nedenle SaaS sağlayıcıları için güvenlik en öncelikli konudur.
SaaS şirketleri; SOC 2, ISO 27001 gibi küresel güvenlik sertifikalarına sahip olmalı, verileri hem iletim hem de depolama aşamasında güçlü şifreleme yöntemleriyle korumalıdır. Ayrıca çok faktörlü doğrulama (MFA) ve rol tabanlı erişim yetkilendirmeleri ile veri sızıntısı riskleri en aza indirilir.